唯識的源流
唯識的源流，是從緣起開始的；緣起是佛法的基本思想，緣起的項目叫十二因緣，十二因緣的項目是：無明、行、識、名色、六入、觸、受、取、有、生、老死。十二因緣的中心在於無明，所以在《心經》便提到，先有無明，而有生、老、病、死，如果無明滅，則生、老、病、死滅，無明生，則生、老、病、死生，如果沒有無明，如果無明滅，則生、老、病、死滅，無明生，則生、老、病、死生，如果沒有無明，也就沒有生、老、病、死。「無明」是識的根本，「無明」含藏著一切業的種子，那是在「生」的過程中造種種的業而積聚成的一種力量。因為「無明」而有「行」，「行」是因為「無明」動，是由「無明」的煩惱種子而產生了「現行」；「行」就是現行的意思，也就是業種的現行。業種現行之後就有「識」，在十二因緣裡所說的「識」不是第八識，而是指第六識，是意識，也就是分別識。因業種現行而產生第六識，由第六識投胎，叫做「名色」；「名」是精神，「色」是物質。「六入」就是眼耳鼻舌身意的六根，名為內六入；色聲香味觸法的六境，名為外六入，具名十二入，十二處。胎兒具足了六根，然後出生，即與六境相對緣塵，就有了「觸」。我們與環境接觸以後就會有「感受」；苦受、樂受、不苦不樂受等等。有了苦樂的感受就有了「愛」，「愛」即是愛樂；愛的相對就是恨，愛恨就是執著，有執著就產生「取」。因為「取」而「有」下一生的「無明」，這又成了業種。有業種就再產生行、識、名色，也就是「生」。「生」了以後，就必然有「老死」。
在這十二因緣裡，「名色」的「色」是物質，六入、有、生、老死都是物質和精神和合而成；其他都屬精神的，都是「心」。因此，無明是「心識」的根本，唯識是從無明開始，所以唯識的根源就是無明。
從十二因緣看，我們眾生的生死流轉，是以無明為主，所以無明是唯識的源頭。但是，十二因緣是從三世流轉來看的；如果從這一生來看，生命個體分成蘊、處、界三大科。蘊就是色、受、想、行、識五蘊，這裡的識還是指第六識，受、想是第六識的作用，行是介於心、色的一種勢力；受是苦、樂等受。想就是思想，遇到苦的、樂的會考慮要怎麼辦，接著就是要採取行動。例如：剛才吃了一杯很好吃的冰淇淋，會有怎麼樣的想法？是不是又想再吃第二杯？這就是在受、想之後，馬上又再行了，行了之後，種種作用的力量就歸入這個識裡來。
早期佛教所講的第六識就是根本識，而行為也就是第六識因根境相對所起的行動；心攀緣「色」而有行動，緣識而揀色，所以唯識一定不能夠離開物質的色法。色有形、顏色，形色或顏色都是顯色，又叫做表色；而觀念是思想的符號，叫做無表色，跟顯色是相對的。所以「色」之中並非全部都是物質的，而是含有物質和精神兩部份；五蘊大部分是以精神為主來說的，物質則是精神的附屬品。
五蘊是從心理的活動來看我們的身心世界。六根（眼、耳、鼻、舌、身、意）對六塵(色、聲、香、味、觸、法)叫十二處；處有兩種意思，它是煩惱所生處，煩惱由此而生，煩惱也由此而入，所以也叫「十二入」。
六根緣六塵而生六識，是十八界，而根和識有什麼不同？識有分別作用，根則是根據、依據的意思，是根據、依賴六塵而產生六識的反應。不過，六識的反應並不是完全依賴六根，只是依賴它相對於六塵而產生的第六識反應，具有分別作用。
「界」有因及藏的意思，是指我們的心，以心而產生十八界。在十二因緣裡，「名色」的色，是由於行而產生的，生老病死也是由於業而成功的；業是由心完成的，這個心就是妄心。妄心是無明，真心是真如，也就是「真如心」。界之中有真有妄，裡面包含了一切的東西。以上所講的是三大科，這是唯識思想的源頭。
三大科是原始佛教的分類法，在部派佛教時代，則有犢子系的本識。所謂本識又叫清淨識，後來的唯識便有轉識成智的思想和說法。
在轉識成智的說法還沒完成的部派時代，有如下的討論：人有凡夫階段的識稱為第六識，也就是煩惱分別識；如果成了阿羅漢，從生死中解脫了，究竟還會留下什麼東西？他已經沒有煩惱了，但是並沒有死；沒有煩惱的阿羅漢的識叫什麼？
它有種種名稱，有一種就稱做「不可說我」。凡夫的我是煩惱的我，從種種的煩惱心而見到我，是可說的；例如：我是某某，或我的身體、我的心、我的念頭、我的思想、我的觀念、我的財物、我的家、我的……等，我的東西很多，我對我的執著是有形的，是可說的，那就是煩惱。到了阿羅漢的境地則是不可說的。他沒有自我中心的存在，但是他還沒有死，因此叫它「不可說我」，大乘佛教則稱之為「法我執」，因為他是斷了「人我執」，可是「法我執」並沒有斷，還有一個「我」在。
本識的意思就是根本識，虛妄識是煩惱；證了阿羅漢果以後，雖然已經沒有煩惱了，但識還在，就稱之為根本識。根本識是不動的識，是離無明的「勝義補特伽羅」。「補特伽羅」意即我，也是眾生；至於是誰知道有眾生？是「我」知道有眾生。
勝義眾生或勝義我，就是第一義我；勝義諦和世俗諦，簡稱真諦和俗諦，是相對的，俗諦是煩惱識，是生死識、是生死現象，而勝義諦則是出離了生死，所以叫「勝義補特伽羅」，就是勝義我或勝義眾生，這個是經量部所主張的。
「一切有部」稱其為假名的我，那是指虛妄我；凡夫把虛妄的我當成真實的我來看，可是從阿羅漢的見地來看，假名為我，而實質上是沒有這樣東西的。假名我，並沒有真的我，只是給它一個「我」的名字；對於阿羅漢，不能說他有我，卻還一樣在生活，一樣在活動，所以就只好方便給它一個名字叫「假名我」。
以上這種過渡階段，還是屬於部派時代的，後來才又轉變成「如來藏佛性」的思想。如來藏本身就是真如，真如實際上就是我們的真心，也就是由妄心轉變而成真心；相對於唯識思想，這已經是另個一個系統了。從原始佛教到部派佛教，它的發展過程是慢慢演變的；但做為唯識源頭的這個「識」，和心則是同樣的。
在生死之中不斷「種子生現行，現行熏種子」，這就是習種。習是熏習的意思。所謂熏習，就有能熏和所熏，以境熏心，而產生一種習行。
習行實際上就是業，業動而產生業的力，也就是動力；動力積聚成為種，而種的本身就是心。這個心就是無明，就是生死流轉的流轉心，也就是流轉識；這流轉心、流轉識的本身就叫做種。
因此「習種」的意思，有些熏和所熏的兩種成份，它既是被熏的，又是能熏的，它是前後熏。我們在生死流轉之中，是自己的自心在循環，造作產生了結果，轉回來熏自己的本心而產生一股動力；這股力量再回來熏自己，於是「我」再接受另外一個果報，這叫做習種；如此形成了習性的思想，由這種思想而漸漸形成了唯識思想。
熏習，分成有漏種、無漏種兩個系統。以十二因緣來看，從無明—行—識—名色—六入—觸—受—愛—取—有—生—老死，這叫做「流轉」。相對的是「還滅」，無明滅故，行滅、識滅、名色滅；名色滅故，六入滅；六入滅故，觸滅；觸滅故……一直到老死滅。流轉門的無明是業種，是有漏種；因為無明滅，所以有漏的種滅了。無明怎麼滅？很簡單，只要如實知道十二因緣的流轉，體證它的虛幻不實，就不會再起心行。
以我們凡夫來說，有身體就一定有觸，觸了之後，就有苦、樂受，受了以後，一定有愛。如果心理沒有任何覺受，就算是接觸了，也無關痛癢。六入沒有作用，也沒有分別識，就不需要行；沒有行，無明本身就沒有了。
這當中的關鍵，是從斷「愛」開始，但這其實並不簡單，必須是有大智慧的人，聽到十二因緣，而往無漏、出生死這方面熏習，那就成無漏種。當有漏的種漸漸不見了，就是無漏種現行了；於是有漏種就能轉變成無漏種。歸根究底用一句話說，就是由種識成為淨識；這個種識實際上含有有漏識、無漏識。種識的意思主要是指有漏的，既然叫做識，一定是有漏的；而成為淨識的時候，才是無漏的。
早期還沒有「把淨識轉為智」的說法；到了無著的《攝大乘論》裡才講到由阿賴耶識轉為阿陀那識，就是淨識。在《大乘止觀法門》裡，將阿賴耶識作為一切染淨之本，叫做本識；淨識、本識、阿陀那識是同一個東西，這是從種識，也就是種子識轉變為淨識。
