曹溪原本的章目次第，與正統本幾乎完全相同。正統本分全經為九章，曹溪本多一章「付囑流通第十」。十章大義，略介如次：
『悟法傳衣第一』，流通本將此章前半改作「行由品第一」，後半改作「般若品第二」。這一章正是大師最初於大梵寺一日所說之完整記錄，說明悟入摩訶般若波羅蜜，教人「但用此心直了成佛」的無上法門，以及祖師自己得法、修學的經過，是乃三轉法輪之現身作證轉也。這一篇記錄非常珍貴難得，讀之如見六祖其人，又如親遇講席。此章末後有無相頌十五首，成為頓教修學法要之心傳，應該記取。
『釋功德淨土第二』，流通本改作「疑問品第三」，內容特別重要，尤其是對今日佛門四眾同修來說。由於我們的社會繁榮，生活水準普遍提高，本省各地大小寺廟林立，無不富麗堂皇，競相鬥勝，自以為功德無比。六祖在這一章開示功德的定義，並且指導我們要捨有為功德，修顯自性功德。關於淨土的問答，蓮池大師解釋得很明白：六祖所接引的是上根利智之人，所說的是上上一乘大法，直接教人取寂光實報淨土而捨方便同居，真是慈悲至極！此不是破淨土法門，千萬不可以錯會祖意。本經自此章以下，都是眾門人總結祖師三十七年教學法語，分類纂輯而成，並非一會所說。
『定慧一體第三』，流通本改作「定慧品第四」。這一章是中國佛教禪宗的心傳大本。大師示眾說：「我此法門以定慧為本。」一體正是不二法門，是本性頓教。
『教授坐禪第四』，流通本改作「坐禪品第五」。這一章是宗門修行方法的總綱領，最高的指導原則。不但參禪要明瞭遵守，就是念佛人也應該記取，才能念到理一心不亂，即是上上禪。一切法門欲入一真法界，無不以此為總綱領。
『傳香懺悔第五』，流通本改作「懺悔品第六」。這一章是講見性成佛，內容有五段：第一段，傳授「戒、定、慧、解脫、解脫知見」五分法身香，次授「無相懺悔」，滅三世罪，令得三業清淨。第二段，教發四弘誓願。第三段，授無相三皈依戒。第四段，開示一體三身自性佛，令學者悟入。第五段，說無相頌五首，旨在滅除吾人多生多劫所造罪障，罪障消除即是見性成佛。
『參請機緣第六』，流通本改作「機緣品第七」。這一章列舉十三位門人請益機緣，來做一個教、學、修行的榜樣。正如《華嚴經》善財參學，又如《楞嚴經》二十五圓通，皆具足修學的示範作用，正是止於至善的教學，慈悲至極。在這一章中，亦見祖師被機點化、說法利生之大。如法達之於《法華經》，智通之於《楞伽經》，志道、志徹、無盡藏比丘尼之於《大涅槃經》，見祖師指導其大開圓解之妙悟，是依教讀誦的模範。又如青原之「不落階級」，南嶽之「修證不無，污染不得」，永嘉大師之「一宿覺」，由此可見祖師指點其悟入不二、親證無生之善巧，是真修行的典型。我們在這一章看到，古大德無論解門或是行門，莫不皆是以悟入為宗。
『南頓北漸第七』，流通本改作「頓漸品第八」。這一章是對當時禪宗弘揚趨勢的記述，是史實。五祖忍大師傳出兩支，南方是六祖惠能大師，以「本來無一物」為宗，接上上根人，是名頓教；北方是神秀大師，以「時時勤拂拭」為宗，接引大乘人，是名漸教。神秀敬佩六祖，也是一位了不起的人，可惜的是，他的門下不服惠能大師傳衣得法。秀大師以祖師獨得「無師智」曉諭其徒，亦見其師兄弟本無相忌，各依因緣弘化一方，也是我輩後人應當效法的。
『唐朝徵詔第八』，流通本改作「宣詔品第九」，也有改作「護法品第九」。這一章記載當時朝廷帝王遣使引請供養、請益，師以老疾辭，及其對使者的開示，誠能發人深省。祖師做出一個出家人遠離名聞利養、守出家人本分事的好榜樣。這一章是史實，也是身教。章題改作「護法」，別具深意，令人省悟。
『法門對示第九』、『付囑流通第十』，流通本將此兩章合併，改為「付囑品第十」。這一章是六祖教授其門人說法不失本宗宗旨的典範。以三科對十八界，以十八正除十八邪，三十六對天然佛法。但是大法不可以輕心、慢心求，必要至誠感通，因為此經不屬文字，乃是祖意佛心也。「師於太極元年壬子七月命門人往新州國恩寺建塔」，這一句以下才是「付囑流通第十」。這一章是記載祖師付囑傳法的事情，很詳細，尤其以「真假動靜偈」八首，說出此宗乃是無諍法門。又為本經立名為《法寶壇經》。最重要的，末後說法指出：「欲成就種智，須達一相三昧、一行三昧」，此乃一乘佛法修證之指南。大師一生示現，也就是一相、一行的修學榜樣。以下說師承，祖祖稟承，道統其來有自，用意很深。祖師最後留別八首偈，曰「自性真佛偈」，「後代之人，識此偈意，自見本心，自成佛道。」
諸位同修，學佛就是學覺、學悟，覺悟本性。本性之中，妙湛圓寂，圓滿具足如來智慧德相。法界原是一真、一相、一行，奈何眾生自作聰明，知見立知，不悟實相，染著五欲六塵，起無量迷障，沈淪六道，生死流轉，實由於此。佛祖慈悲，西來之旨，教我們頓悟本性，自成佛道。是以迷關未破，萬劫苦修也不能超凡，普願大家有志同學。