密教五大云：大悲胎藏包合萬行，且在東方生長萬物之首。金剛智界顯現萬德，且在西方成就萬物之終。此是隨方布教標幟，非謂真如法界定有方面。四方四佛，亦復如是，祇是標幟，非謂定位。（文）斯言得之。
【問】：前文殊請云，唯願演說諸佛名號；世尊許云，勸請我說諸佛名號。何至於此，但約一佛？
【答】：若約《七佛經》，七豈非諸。若約今經，乃是《華嚴》：一身一智慧，力無畏亦然之義。故下文云：如我稱揚藥師如來所有功德，此是諸佛甚深行處。又云：若聞藥師如來名號，此是諸佛甚深所行。須知請諸答一，理不乖背。
乙二明本誓利益二：初明依正莊嚴，二明種種功德。      丙初明依正莊嚴二：初正明本願，二明佛土及侍。  丁初正明本願三：初標，二列，三結。  今戊初
曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願。令諸有情，所求皆得。
【問】：何謂願耶？
【答】：願是要求之名。又《摩訶止觀》云：發願者，誓也。若無誓願，如牛無御，不知所趣。願來持行，將至所在。      願有四種：（一）眾生無邊誓願度，依苦諦立。（二）煩惱無邊誓願斷，依集諦立。（三）法門無盡誓願知，依道諦立。（四）佛道無上誓願成，依滅諦立。初二願拔眾生苦集二諦苦，後二願與眾生道滅二諦樂，此四為總願。而今佛十二，彌陀四十八等，皆是別願。《止觀輔行記》云：一切菩薩凡見諸佛，無不發於總願、別願。應知總，總於別；別，別於總。故彼別願，不出四弘而緣四諦。（文）下文十二大願中，魏塘約四諦分、不失旨矣。
案：今據魏塘直解文、列表如下。
┌依滅諦二願┬第一願      ┌佛道無上┐
│              └第二願      └誓願成  ┴─┐
│                                          ├──生善與樂
├依道諦三願┬第三願          ┌法門無盡┬─┘
│              ├第四願      │誓願知  │
│              └第五願      └            ┘
└依苦集二諦共七願┬初先出三苦┬第六願        ┌眾生無邊┐
                      │          ├第七願        │誓願度  │
                  │              └第八願    └        ┴─┐滅
                      │                          ┌煩惱無邊┐  │惡
                      ├二間明集諦─第九願    └誓願斷  ┘  │拔
                      └三重出三苦┬第十願    ┌眾生無邊┬─┘苦
                                  ├第十一願  │誓願度  │
                                  └第十二願  └            ┘
戊二      列
第一大願：願我來世，得阿耨多羅三藐三菩提時。自身光明，熾然照曜無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相，八十隨好，莊嚴其身。令一切有情，如我無異。
第二大願：願我來世，得菩提時。身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住；燄網莊嚴，過於日月。幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
【問】：儒胤云：初願約應，次願約報。其說然歟？
【答】：初願約三身。光明照耀，即報身；相好嚴身，即應身；其所莊嚴，乃是法身。次願亦爾。身下三句，應也；光下五句，報也。所淨、所住，無非法身。
第三大願：願我來世，得菩提時。以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物；莫令眾生，有所乏少。
【問】：青丘、秋篠，以第三第四願為出世間門，而第三願約人天乘者。其說然歟？
【答】：此說局矣。晉云：無量眾生饑渴，何隔出世耶。
【問】：此願與最後二願何異？
【答】：長谷云：後別，此總。今謂不爾，皆是別願。此重權實二智，後在衣食，故不同也。
第四大願：願我來世，得菩提時。若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。若行聲聞