三、本經的疑偽說
《藥師經》的疑偽說最早出現于僧佑的《出三藏記》卷五新集偽撰雜錄第三，其中說到：「《灌頂經》一卷：一名《藥師琉璃光經》，或名《灌頂拔除過罪生死得度經》；右一部宋孝武帝大明元年秣稜鹿野寺比丘慧簡依經抄撰。」而且因為慧簡所抄撰之經，與東晉帛尸梨蜜多羅譯的《佛說大灌頂神咒經》第十二《拔除過罪生死得度經》為同一經，故本經亦懷疑為疑偽經。
但從內容觀察，疑偽說之論證，顯然證據不足。