兩大活佛轉世系統。以後藏傳佛教諸派寺院普遍採用了活佛轉世制，並受到清朝政府的承認、管理，大、中活佛，概由政府冊封。
　　確認轉世靈童的程序，一般是根據活佛生前的預示、遺囑等線索，通過降神、占卜、觀聖湖等方式，占知其轉生的方向、地點，然後派人化妝秘密尋訪靈童，再對尋訪到的幼童進行觀察、試驗，以作篩選定奪。
　　前世活佛生前的預言、預兆，藏語稱「龍單」者，為尋訪轉世靈童的重要依據。如噶瑪撥希的轉生，即據他臨終前對弟子鄔堅巴的預言：「拉朵方面，必出一位承黑帽系者，至彼未來以前，汝當代理一切。」鄔堅巴據其預言，在後藏貢塘找到了轉世靈童。三世班禪羅桑丹珠圓寂前，向大弟子克珠桑結益希預言他很快轉生於後藏貝哇地方，克珠桑結益希也曾做了同樣內容的夢。克珠在後藏竹貝哇村住了一月，經仔細觀察調查，找到了三世班禪的轉世靈童羅桑曲結(《菩拉道次第相承高僧傳》)。外蒙最大的活佛哲市尊丹巴一世多羅那他(1575-1634)，圓寂前預言：「達爾罕親王與申年所生之女結婚所生之子，即為二世哲布尊丹巴。」喀爾喀士謝圖汗生一子，於是便被認定為多羅那他轉世。活佛轉世的生前預示，還有多種方式。如十三世紀嘉瓦仁波切於1908年回藏途中，經青海夏瓊寺，曾將一雙靴子遺放寺後，稱讚該寺所在村子為美麗的吉祥地。他圓寂後，此事遂成為尋找其轉世靈童的重要線索。還有於活佛圓寂時，根據其面朝、手指的方向，或在其屋頂燃火，視煙飄的方向，以占知轉生方向等方法。
　　若活佛生前無預示，則在其圓寂後，由專司降神的僧人「垂仲」祈禱護法神，降神附體，以指示轉生去向。另一種方法是由高僧在被認為神湖的拉莫拉錯祈禱後，觀看湖中所現景象，以預測活佛轉生處所。還有以打卦問卜確定活佛轉生方向、處所的。
　　由以上幾種方法佔得活佛轉生方向等後，派人化妝潛赴尋訪。一般會找到多位與所佔知方向、地貌及活佛圓寂時日相符，誕生時有祥瑞的幼童，然後用各種方法試驗，從中篩選出證據確鑿，各方面素質好的一位。在其所依證據中，最有說服力的便是宿命通，以靈童能否記憶前世活佛及其所用物品(混以假的)、所認識的人、所誦經文等，進行測試辨認。其中也確有明記前世、證據確鑿的。
　　如《夷俗記》載：三世達賴於喇嘛索南嘉措生前每指今松木台吉所居曰：「此地數年後有佛出焉。」不久圓寂，不一年(1588)，松木之妻有孕，生兒之後，此兒自言：「我前嘉瓦仁波切也。」以前世達賴所乘馬及所誦經，及其它物品令其辯認，幼童指達賴所乘馬曰：「此我之馬也。」於諸物品中，獨取念珠經曰：「此我故物也。」遂被確認為四世達賴(雲丹嘉措)。七世達賴於康熙五十三年(1714)赴青海途中，凡遇前世達賴認識之人，皆如素識。乾隆三年  (1758)，卓尼羅桑咨錐攜五世班禪遺物，籍沐浴之名，赴扎希密訪靈童，靈童見他，即呼其法名曰：「羅桑扎巴。」以前世班禪法物試之，靈童取而不捨，即被認為六世班禪。
　　漢地筆記小說中，也偶有活佛轉世故事。如袁枚《子不語》卷二三《喇嘛》條言：西藏謨勒孤喇嘛王死，其徒卜其降生於維西某所，乾隆八年，眾喇嘛攜其舊器訪之。有麼些頭人之子，年七歲，名達機，忽請其父母出迎喇嘛，延請到家，達機端坐，為眾僧一一摩頂，試以舊物，偽間雜他物，達機辯認無誤。眾喇嘛乃向其父母堅乞，攜至達摩洞寺，留三日而赴西藏。達機謂其父母：勿慮無後，明年將生一子，至期果如所言。同書卷十七《清涼老人》條，記五台山僧清涼老人，以禪理見知於鄂相國。雍正四年卒。西藏生一兒，至八歲不言，一日剃髮，忽曰：「我清涼老人，請速通知鄂相國。」召入，試以前世之事，皆不謬，見前世熟人，皆能認識，知其姓名，遂命為五台山方丈。然因偶觀淫畫，長大後淫亂無狀，被人劾奏，奏章未上而老人已