全自便，這就意味著他結束充軍生活。
　　
　　明萬曆四十一年（一六一三年），憨山在長春庵為諸弟子講《圓覺經》，講課至半，背疽發作甚重，醫生都說不能治，大將軍王漢中已經為他安排後事。有個賣酒郎中廣東人梁杏山過來探視他，梁杏山素以醫瘍出名，視診之後說，病已很重了，再晚點就沒得救了。梁杏山以所採草藥敷在他的傷口上，很快奏效，到冬天就痊愈了。憨山專門寫了一篇文章以記其事，以表對梁杏山之謝意。
　　
　　這之後，憨山與友人曾金簡原有「南嶽休老之約」，終於第一次離開了一住二十年的廣東，赴衡陽踐約。明萬曆四十二年（一六一四年）四月間，再至武陵（今湖南常德）。傳來消息說萬曆帝生母慈聖皇太后駕崩。憨山對這位曾經大力支持佛事的皇太后的去世心悲慟哭，「遂建報恩道場，對雲龕被剃、謝恩，還僧服。」從他南貶抵粵「以囚服見大將軍」，至此始稱「還僧服」，足足卸下袈裟達二十年，二十年間他的佛事活動不斷，都是著囚衣常服作佛事。可以想想一位身著囚衣之罪徒登壇講法情狀之特殊。憨山為人極有個性，據《萬曆野獲編》記述，說他每至佛寺，登大雄寶殿說法，受諸供養禮拜，都是南面正坐，讓寺僧以大被遮蔽三尊佛像。有人譏刺他妄自尊大，他卻我行我素，在名片上署名「奇大，埒閣部大老」。
　　
　　明萬曆四十三年（一六一五年）憨山年已七十歲，仍盤桓於南嶽七十二峰間。六月，到江西九江，遊東林寺，登匡廬，見此處環境幽勝，遂生歸隱此地之念，從此悉心經營廬山五乳峰法雲寺。直到明天啟二年（一六二二年）七十七歲的冬至日，接到韶州知府張翼軫修書請他入山說法，復回到曹溪。老人拄著錫杖走上了梅嶺，時值隆冬，梅花怒放，駐足嶺頭，眺望嶺內外景色，他心中無限感慨，口吟一詩：「五雲一望入南安，萬壘千迥六六灘。行到山窮水盡處，梅花無數嶺頭看。」他心中明白人生的旅途歸宿在曹溪。十二月十五日，到了曹溪。不到兩個月，於第二年十月十一日入寂。按照他的囑咐，肉身還歸廬山，留下爪髮在曹溪。後來因廬山地多陰濕又有蟻蝕，不利保存真身，肉身又被迎回韶州南華寺供奉。每年到曹溪的香客，拜謁六祖之後又將拜謁憨山肉身說成進香七祖。憨山名聞遐邇。明崇禎皇帝禦書憨山老和尚法像贊，供奉在大內九蓮菩薩院中，贊曰：「這老和尚何等行狀，撐持法門，已作棟樑，受天子之鉗錘，為佛祖之標榜。」綜觀憨山的思想，從真心一元論的基本觀點出發，和會禪教、性相，兼重禪、淨；從儒化佛教、佛化儒道，進而達到「三教同源」，從而將佛教中國化打上了新的時代烙印。憨山自撰《年譜實錄》，從出生一直記到死前一年的明天啟二年（一六二二年），他死的當年的實錄，則是由他上首弟子福善等人續記。此後，錢謙益、吳應賓、陸夢龍分別根據《年譜實錄》撰成《大明海印憨山大師廬山五乳峰塔銘》、《大明廬山五乳峰法雲禪寺、前中興曹溪、嗣法憨山大師塔銘有序》、《憨山大師傳》。憨山著作，《明史‧藝文誌》錄有《華嚴法界境》一卷、《楞嚴通義》十卷、《法華通義》七卷、《觀楞伽記》、四卷、《肇論略注》三卷、《憨山緒論》一卷。此外，尚有《楞伽補遺》二卷、《華嚴經綱要》八十卷、《法華擊節》二卷、《大乘起信論疏略》四卷、《曹溪通誌》四卷等佛學著作。《道行經解》三卷、《莊子內篇注》四卷、《大學中庸直指解》二卷、《春秋左氏心法》、《夢遊詩集》三卷等佛外撰述。憨山的弟子福善、通炯等把他的全部著作整理、編輯為《憨山老人夢遊全集》五十五卷。
　　
　　憨山真身保存至今，據《曹溪通誌》所載，大雄寶殿後原建有衣缽之樓。此樓為磚木結構，一九八一年按原來風格改建為鋼筋混凝土結構。殿內當中有阿育王式木塔佛龕三座，正中為六祖惠能真身，其左右分別為明代高僧憨山、丹田和尚真身。