榔庵、白龍泉尋訪舊跡。他想尋求先輩覺范禪師遺跡，卻遍訪不得。寓居於郡城瓊山明昌院，寫下了《瓊海探奇記》、《金粟泉記》。夜間不寐，登上城頭，但見索然若無人煙，只有城西郭稍有生氣。憨山對人說：「瓊城將有大災降臨，趕快祈禱消災。」大家以為他是信口胡言，都不以為意。憨山渡海回雷州半月之後，海南果然大地震，城東城牆、城門都陷塌，城內官舍盡傾，明昌塔耶倒了。憨山住過的那座樓也粉碎。憨山離瓊時，郡之士人苦留他，他不肯再住下來，不然，恐怕也要成為灰粉了。這年四月，總督又傳令讓憨山回廣州。借此機會，憨山在途中轉到曹溪去巡視一番祖殿。到了廣州，憨山又主持修建長春庵，作為供奉六祖的場所，算是曹溪廨院。長春庵在清代已不復見其名，清人仇巨川纂《羊城古鈔》上載有廨院寺，址在棗樹街，約今海珠中路北段，應是長春庵後來之改稱。
　　
　　明萬曆三十四年（一六○六年）春三月，憨山北上出遊會友，然後回南華寺。八月，皇帝生了長孫，大赦天下，「凡在戌老疾詿誤者俱聽辯明釋放」。（註９）憨山年已六十一歲，地方官府勘明應赦，翌年（一六○七年）三月，他正準備動身回原籍全椒，卻接到巡撫衙門下給韶州府的公文，安置到曹溪。到了南華寺，他一邊為諸弟子說法，一邊注完《道德經》。為《道德經》作注歷十三年，至此脫稿。身在佛門，而為道教經典作注，從中體會佛心機倪。憨山自云「每參究透徹方落筆，苟一字有疑而不通者，決不輕放」，（註１０）可見這書稿凝結著他的心血。
　　
　　明萬曆三十六年（一六○八年），憨山動起修南華寺大殿的念頭，春二月，嶺西道台馮元成到寺中訪問他。馮元成當晚宿寺中，夢見觀音大士現身，次日清晨上大士殿拜佛，見大士殿前竟有兩處棟樑摧朽，很為驚訝，就問憨山為什麼不給予修葺。憨山答以不是不想修葺，而是功大費多，力不能及。馮元成問清要多少花費，說，「這不難，我設法試試看。」馮元成果然把這事放在心上，歸去後，向戴總督說起這事。戴耀即令南韶道前往勘察估計工程費用，並約憨山計議此事。見了面，總督慨然表示願意鼎力支援重修大殿。憨山認為動用公款修建大殿恐有不便，不如由官府出面募捐，募得的這筆經費不要交給僧人，由官府掌握使用。依照憨山的建議，果然很快募集近千金。憨山親自攜款到粵西購鐵梨大木。到了端州，總督又讓他留下主持修寶月台，只好另委他官採辦大木。到了冬天，寶月台完工，採購的木材也都堆積在江邊，次第發運。在此期間，安南徭僮攻進欽州，官軍戰敗，憨山挺身而出到山洞說降，利用了他的威望影響，竟使來犯者退兵，救活欽州百萬生靈。戴總督因此免受問罪，也算報答其復興曹溪之功。
　　
　　憨山從端州運木回到曹溪，正要招集眾人經營。不料僧眾中有數名不肖之徒，煽動群眾鼓噪，說是憨山親往採木，必有謀私。憨山見理論不清，只好獨坐堂上，焚香誦《金剛經》，若有所悟，還寫成《金剛決疑》這篇稿。然而，事態卻沒有平息，只好訴諸按院打官司。官司經年，憨山出山居江舟之中聽候審理，初審竟被指有罪。好在同謫雷州的難友樊友軒禦史聞知此事，為之申報禦史衙門，下令徹查。禦史衙門駁回初審的批文稱：「某有功於六祖者，向所捨為常住計者。今奸僧得利而返罪之，是謂平等法門乎？」語氣淩厲。韶州知府親自到寺中審理此案，查清寺中庫司清規嚴明，歷年賬目清楚，分毫不差。上下內外至此方信憨山所言之不妄。雖然冤情已白，憨山厭倦於這種無謂的糾紛，加之近年身體倍差，無心再留山中，故力辭眾人的挽留，將禪堂交付弟子懷愚執掌，回端州鼎湖山養病，第二年又去了廣州長春庵。這段時間，還有士人追隨他求學。憨山為他們講授《大學》，著成《大學綱目決疑》。在鼎湖山，他終於接到來自北京按察院複勘他流放案的批文，允許其完