了愕然，很快就散夥解圍，廣州城內避免了一場災難。在端州的三司官員飯間聞省城亂起，飯未吃完，擱下碗筷，立即趕回廣州，廣州城裏已是騷亂平息。知道是憨山出面所為，都很感激。憨山的名聲更是遠播。
　　
　　秋七月，南韶觀察祝以豳邀請憨山進曹溪，憨山早有心願復興六祖道場，欣然前往。臨行，新任總督戴耀聞知其平息動亂事跡，傳諭大將軍引憨山來見。見面之後，禮遇甚優，設齋宴款待。聽說憨山將入曹溪，主動提出願為憨山護法，有什麼事儘管找他。
　　
　　明萬曆二十九年（一六○一年）春，憨山到了曹溪。六祖祖庭佛門聖地此時衰落破敗，香燈零落，不堪入目。四方流氓地痞，混集山門，居然操刀屠宰，穢汙之甚，這種情況已有百餘年了。佛寺祖山，全被民間占為墓地，寺產多被侵奪。惡棍內外勾結，挾騙寺僧，攪得南華寺烏煙瘴氣，卻無人敢正視。憨山見此，痛心疾首，無奈勢孤力單，想想單憑己力無法改變局面，於是徑回廣州，求助於總督戴耀。他立即下令南華寺所在地區江縣縣令到寺中坐守，三天之內將各式人物等盡行驅逐，不留一人，店鋪全部拆除，不存片瓦。百年積垢，一旦如洗。此事辦完，戴耀與憨山談話間，卻提出問題來說：「六祖道場之腥膻，我為大師洗淨了。但是，目前地方生靈塗炭，大菩薩有什麼辦法救治？」憨山問其所以，戴耀說：「現在海上有奉旨採珠之珠船千艘，駕船的其實都是海上巨盜，罷採之日並不歸航，橫行海上劫掠無已，法不能禁。此為一患。在地方開礦，也是直屬中央之事，負責開採的史役暴橫，掘人之墓，破人之產，比比皆是，民無安枕，加之奈何？」憨山答這事不易解決，只能設法徐圖。這好這年秋天，姓李的採使者到南華寺進香，留住寺內數日。這位李某倒是頗有信佛之心，很喜歡聽憨山說法。憨山借機勸他施重金重建祖庭，李某慨然答應。憨山指出採珠開礦，危害地方已經很嚴重，此非天子之本意。他建議對採珠船儘快限期往來，過期問罪；礦罷開採，也要將差役盡撤；地方每年按定額協助解進，才能對老百姓秋毫無憂。採使都一一接受。山海之擾從此寧息。戴耀對此深為感動，專門寫信向憨山致意，說是「而今乃知佛祖慈悲之廣大也。」護法之意益誠，心益切。憨山雖然仍是身著囚服之罪人，又不是曹溪祖師直接傳位，有此靠山支援，就可以安心在曹溪放手重辟祖庭，改風水道路，重修六祖殿，培後龍，改後徑，辟神道，移僧居，拓禪堂，將山門屠肆改為十方過寮。選僧受戒，創立規制，設庫司清規，查租課，贖僧產，收回侵佔，一年時間，百廢俱舉。他還在寺中設義學，延賓師，招選百餘沙彌，教習威儀，誦讀內外經書，對佛學稍知信向，使就清規，受戒法，苦心培養出誠心向佛的新一代的佛門弟子。十年以後，這些出自樵兒牧童的小沙彌已長成旁通儒典的佛門中堅。南華寺一掃百年陰霾，氣象一新。在南華寺史上寫下中興曹溪輝煌一頁。
　　
　　明萬曆三十一年（一六○三年），達觀禪師在京中因刻書之事受連下獄。憨山與其關係密切，也受他的入獄波及。翌年春正月，按院下了檄文，令憨山還戌所居住，於是憨山離開苦心經營的南華寺回到雷州。在雷州寫下了《春秋左氏心法》。受達觀之厄牽連，他卻能定下心來著書，而且所著不是佛書，偏是儒書。這是因為憨山有他的主張，他說他著《春秋左氏心法》的起因，是想起達觀曾說過「愣嚴說七趣因果，世書無對解者」。而他悟及「春秋乃明明因果之書耳」。他認為「左氏心法，得之孔子。祖師心法，得之菩薩。入世出世，義莫大乎春秋也。」（註８）他將心法看為佛儒統一融合之共同點，將春秋大義與佛祖之法視為一體，說明憨山的佛學主張深受到明代陰陽心學的影響，這也是佛學理論民族化的表現。
　　
　　明萬曆三十三年（一六○五年）三月，憨山從雷州渡海到海南島。在海南島，他到了東坡桄