已慕名，聽說憨山來謁，親自下階出迎，為之釋縛，還說：「公物外高人，況為朝廷祈福，致此奇禍，何罪之有！吾輩正中心感重，豈可以尋常世法相遇。」（註５）也不顧憨山再三申明自己的戴罪身份，竟留下款談，設齋宴招待，安排在海珠寺暫住。封疆大史如此敬重，當地官員名士相率拜訪憨山。參政周鼎石，精於陽明之學，帶著幾十名門生過訪。周鼎石詢問「通乎晝夜之道而知」如何理解，語出何典？憨山立即答以出自《易》之系辭，而且出口如流地接下去念了幾句。又說，這是聖人指示要悟不屬死生的一著。周鼎石聽得擊節稱妙，那班門生還是罔然。周鼎石解釋說：「死生就如晝夜之道，明白晝夜的道理就不受晝夜所拘制了。」一時對憨山融通儒佛之學識咸為歎服。
　　
　　此前，已有奉教的權貴寫信給廣東的陳總督請他對憨山多加關照，陳總督發給憨山郵符，讓沿途驛站供應食宿車馬，廣州至雷州路程迢迢，走起來就順暢得多了。
　　
　　三月十日，憨山抵雷州報告之後，寓居在城西古寺。這城西古寺，年譜上沒有點出寺名，從雷州的佛教史和古寺所在位置看，當是天寧寺。天寧寺得名於唐大曆五年（七七○年），據地方誌書所載，古名報恩寺，因此寺之創建還在大曆之前。憨山入住時，也離大曆五年已有八百多年了。宋代名臣寇准、李綱、趙鼎、李光、胡銓等人貶居雷州或遭貶經雷州時，都曾在此寺或居或遊。大文學家蘇東坡貶瓊過雷，寓居天寧寺，每與和尚論經談文，愛其古剎境勝，留題「萬山第一」，如今仍刻於寺前坊額。與憨山同時代的以剛直著稱的清官海瑞，在憨山之前也為天寧寺山門門額留下了「天寧古剎」的題字。彙集有如此眾多名賢先哲蹤跡的古剎，依山而築，右瞰西湖，左輔城關，風景優美，環境幽靜，憨山雖曰「罹難」，落腳於此，亦可說是得其所了。甫一安定，四月一日，即開手為《楞伽經》作注。然而，憨山到雷州的上一年以來，廣東通省皆旱，高雷為甚，經年不雨，赤地千里，禾稼無收。餓殍遍地，疫癘橫發，死者數以萬計。即使地近西湖的天寧寺，已感受到旱魁的威脅，寺內井水枯竭，飲水困難，受乾渴煎熬的人們，見到一滴水都好象天之甘露。忠心跟隨憨山的侍者福善每天半夜起來等候滴泉，只得一罐，就要維持一日之用。憨山忍受著焦渴，以法力修持使自己安定下來。眼見雷州城外暴屍積骸，心中悲憫。秋七月，他與地方頭面人物舉人柯時復勸說大戶人家行善，收埋了上萬屍骨。設普濟道場，一來普渡亡魂，二來祈雨解旱。老天好像為之感動，滂沱大雨，平地三尺水，暑旱之氣消解。郡官民對憨山生敬愛之心，他的名氣遠播。雷州地區敬佛的風氣自此益盛。
　　
　　八月，總鎮府有公文請他上廣州，寓居演武場。往來省會路上，憨山寫了二十首從軍詩。途經電白縣的古藤，這是一處出入要津，憨山為之撰銘，又建了座捨茶庵以利過往行人。到了廣州，又有一班地方官員和南貶仕臣慕名與之相交，結成莫逆。這些人中有參政丁右武、周鼎石，給諫鄒元標，總督陳某，舉人柯時復等，鄒元標因上疏譏議當權宰相張居正「奪情」（即戀位不守喪制）謫戌到嶺南。憨山所結交的，就是這樣一些人士。
　　
　　明萬曆二十四年（一五九六年）秋，廣州一帶遭遇大旱，持續不解，直至翌年正月，饑民死傷甚眾，骸骨暴露。在參政丁右武的支援下，憨山讓人掩埋了數千具屍骨，又建起普濟道場，作法事七晝夜超渡亡魂。廣東佛教原來並不盛行，在憨山極力推動下，許多人從此誠心奉佛。這年四月，憨山為《楞伽經》注釋所作的《觀楞伽記》四卷完成了。他見皈依佛教的不少人原是專攻儒業的，佛理並未入門，又著作了《大學中庸直指解》，啟發他們由儒入佛。這使他在讀書人中的威望日高。開始，官場與社會上的一些人視憨山為罪僧，都有些看不起他。按照憨山的說法，「僧之從戌者，古今不多見，