入定已，於肉髻中出大光明，光中演說，大陀羅尼曰：『那謨薄伽筏帝，裨殺社窶嚕，薛琉璃缽剌婆喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿羅訶帝，三藐三勃陀耶。怛姪阤：唵，鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝娑訶』」。爾時、光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
「曼殊室利！若見男子、女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水、咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是無病延年；命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。是故曼殊室利！若有男子、女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重，恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘」。
「復次、曼殊室利！若有淨信男子女人，得聞藥師琉璃光如來應正等覺所有名號，聞已誦持。晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香花，燒香、塗香，作眾伎樂，供養形象。於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義。於彼法師，應修供養：一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提」。
爾時、曼殊室利童子白佛言：「世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。世尊！若於此經受持讀誦。或復為他演說開示；若自書、若教人書；恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，而為供養；以五色綵，作囊盛之；掃灑淨處，敷設高座，而用安處。爾時、四大天王與其眷屬，及餘無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。世尊！若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處無復橫死；亦復不為諸惡鬼神奪其精氣，設已奪者，還得如故，身心安樂」。
佛告曼殊室利：「如是！如是！如汝所說。曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之。散種種花，燒種種香，以種種幢幡莊嚴其處。七日七夜，受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣，應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情起利益安樂，慈、悲、喜、捨平等之心，鼓樂歌讚，右遶佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。隨所樂求，一切皆遂：求長壽，得長壽，求富饒，得富饒，求官位得官位，求男女得男女」。
「若復有人，忽得惡夢，見諸惡相；或怪鳥來集；或於住處百怪出現。此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢、惡相諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、師子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等佈；若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。若他國侵擾，盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫」。
「復次、曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事餘天，唯當一心，歸佛法僧，受持禁戒：若五戒、十戒，菩薩四百戒、苾芻二百五十戒，比丘尼五百戒。於所受中或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號，恭敬供養者，必定不受三惡趣生。或有女人，臨當產時，受於極苦；若能志心稱名禮讚，恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人，奪其精氣」。
爾時、世尊告阿難言：「如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了，汝為信不？」
阿難白言：「大德世尊！我於如來所說契經不生疑惑，所以者何？一切如來身語意業無不清淨。世尊！此日月輪可令墮落，妙高山王可使傾動，諸佛所言無有異也」。
「世尊！有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？由此不信，返生誹謗。彼於長夜失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮！」