種方便，摧邪顯正。並然香十炷，一夏持咒加被。至自恣日，更然頂香六炷，撰自恣日拈鬮文，遂拈得菩薩沙彌鬮。
撰禮淨土懺文二首。
冬，述占察行法。
甲戍，三十六歲。
癸酉、甲戍之際，大師匍匐苦患。徹因比丘獨盡心竭力相濟於顛沛中，毫無二心。
是冬，在吳門幻住庵，講毘尼事義集要一遍。聽者僅五六人，惟自觀、僧聚二比丘能力行之。
撰禮金光明懺文。
乙亥，三十七歲。
春，阻雨祥符。始晤影渠、道山（字靈隱）二師，為莫逆交。是冬，大師遘篤疾，二師盡力調治，不啻昆季母子也。
撰講金光明懺告文。
夏初，住武水智月庵，講演占察經。是時即有作疏之願，病冗交沓，弗克如願。述戒消災略釋、持戒犍度略釋，盂籣盆新疏。
丙子，三十八歲。
是春，大師自輯淨信堂初集。
三月，遁跡九華，禮地藏菩薩塔，求決疑網，拈得閱藏著述一鬮。於彼抱病，腐滓以為饌，糠粊以為糧，忘形骸，斷世故。續閱藏經千餘卷。撰九華地藏塔前願文，亡母十周願文。
丁丑，三十九歲。
是歲夏、秋之際，居九子別峰，述梵網合註。先是如是昉公，遠從閩地，攜杖來尋。為其令師肖滿全公，請講此經，以資冥福。復有二三同志，歡喜樂聞。大師由是力疾敷演，不覺心華開發，義泉沸湧，急秉筆而隨記之。共成玄義一卷，合註七卷。
〔案〕梵網合註初刊之板，存金陵古林庵，後康熙丙辰歲，沈書準應成時師之請，重刻板，送嘉興楞嚴寺入藏流通。（見沈書準跋）日本元祿五年所刊之板，即據此也。
撰完梵網告文，讚禮地藏菩薩懺願儀。
自觀印闍梨自武水尋大師於九子別峰，商證梵網佛頂要旨。大師見其躬行有餘，慧解不足，設壇中十問拶之。
夢感正法衰替，痛苦而醒，寫懷二偈云：「魔軍邪幟三洲遍，孳子孤忠一線微，夢斷金河情未盡，醒來餘淚尚沾衣。」「休言三界盡生盲，珠繫貧衣性自明。肯放眼前閑活計，便堪劫外獨稱英。」
戊寅，四十歲。
結夏新安，重拈佛頂妙義，加倍精明。
四十初度詩云：「物論悠悠理本齊，年來漸覺脫筌蹄。拳開非實掌元在，□去惟空眼不迷。流水有心終匯海，落花無語亦成谿，剎那生處生何性，卻笑威音劫外提。」
自輯絕餘編。
秋，踐誦帚師之約，入閩。渡洪塘，往溫陵。
十一月撰陳罪求哀疏。
己卯，四十一歲。
住溫陵。
誦帚昉師及一切知己堅請疏解大佛頂經。大師感其意，兼理夙願。在小開元撰述玄義二卷，文句十卷。
刊佛頂玄義，板藏大開元寺之甘露戒壇。
如是師示寂。助其念佛，並為撰誦帚師往生傳。
撰為如是師六七禮懺疏，輓如是師詩。
庚辰，四十二歲。
住漳洲。
述金剛破空論，（在溫陵刊）蕅益三頌，齋經科註。
辛巳，四十三歲。
結冬溫陵月臺。有郭氏問易，遂舉筆述周易禪解，稿未及半，以應請旋置。
（錄者註）今泉州大開元寺藏有大師施贈之梵網經兩部。卷末有大師親筆題識。文曰：「崇禎辛巳。古吳智旭，喜捨陸部。奉大開元寺甘露戒壇，永遠持誦。」
壬午，四十四歲。
是夏，自輯閩遊集。
自溫陵返湖州。
述大乘止觀釋要。
靈峰山中藏經裝成。
撰鐵佛寺禮懺文。
癸未，四十五歲。
結夏靈峰。
是歲結制。簡閱藏經，僅千餘卷。
崇禎十七年  清順治元年      甲申，四十六歲。
是秋，居檇李，遊鴛湖寶壽堂。撰遊鴛湖寶壽堂記。
返靈峰。有句云：「靈峰片石舊盟新。」
九月，述四十二章經、遺教經、八大人覺經解。
是歲，大師退作但三歸依人。
撰禮慈悲道場懺法願文，佛菩薩上座懺願文。
乙酉，四十七歲。
自去歲退作但三歸人以來，勤禮千佛、萬佛及占察行法。於今歲元旦獲清淨輪相。
夏，撰周易禪解竟。
撰大悲行法道場願文。
是秋，住祖堂及石城北，共閱藏經二千餘卷。
是歲，紫竹林顓愚大師遣七人來學。
丙戍，四十八歲。
晤妙圓尊者於石城之隈，同住濟生庵。
撰占