參、釋經文
大科分三：一、序分，二、正宗分，三、流通分。
甲初、序分分二
初、證信序  二、發起序
乙初、證信序
如是我聞：一時、佛、在王舍城，耆闍崛山中。與大比丘眾，千二百五十人俱。菩薩三萬二千，文殊師利法王子而為上首。
證信有六：
一、「如是」者，即指正宗所說之法。稱理云如，離非曰是。決定可信，故云如是。
二、「我聞」者，阿難親從佛聞，明非自說。諸法無我，無我則無聞；隨俗假名，故說為我。
三、「一時」者，始從眾集，終至畢席。一期之時，簡非餘時也。如來說經，時有無量，不可定指，故云一時。又，西土此方，年月日時，曆數不同，流布他方，人難曉故。又復諸經，或有一席未能終畢，至後結集，方綴成文，前後不一，難為標指。即如今經，闍王造逆，如來說經，阿難重述，豈是同時？故以一言，包羅斯盡。
四、「佛」者，說教之主，顯非餘人。即指開示淨土釋迦大師也。佛翻為覺；自覺異凡夫，覺他異二乘，覺滿異諸菩薩，故名大覺。
五、在王舍下，說經之處。（以上錄靈芝疏）
王舍城：梵云羅閱祇伽羅，在中印度摩伽陀國。頻婆娑羅王自上茅城之舊都，遷居於此。城周圍有五山圍繞。靈鷲即五山之一。天台疏解釋此山得名因緣有三：一約諸王治化釋，二約移居免火釋，三約畏罪得處釋。文繁不錄。詳於智度論卷三，及西域記九。
耆闍崛，此翻靈鷲，諸聖仙靈依之而住。又名鷲頭，峰形似鷲。或眾鷲所棲，因以為名。天台疏釋山名亦三：一約聖靈依住釋，二約山形似鷲釋，三約鷲鳥棲隱釋。
六、大比丘等，同聞之眾。有二：一、聲聞眾，二、菩薩眾。若論志願，則菩薩為先；今取威儀，故聲聞居首。（靈芝疏）
先說聲聞眾
 
與者，共也。梵語摩訶，此云大。大義有三：謂大、多、勝。天王大人所敬，故言大—德量大故。遍解內外經書，名曰多—識解多故。出九十五種上，號為勝—知見勝故。（天台疏一
比丘：因名比丘，有三義：乞士、怖魔、破惡也。果號阿羅漢，亦三義：應供、殺賊、無生也。梵語僧伽，此翻為眾。四人已上，和合無諍，羯磨說戒，能辦一切滅惡生善之事，故名為眾。（靈芝疏）
千二百五十人，即眷屬弟子。三迦葉共有弟子千人，目連、身子共二百五十。其先並是事火外道，久受勤苦，都無所證；一見如來，便登聖果。感佛恩深，故常隨侍。（靈芝疏）      同時一處曰俱。
次明菩薩眾
菩薩，具云菩提薩埵，此云覺有情，廣覺一切有情故。三萬二千，數也。（靈芝疏云：「三萬二千，總舉上首眷屬之眾。」）文殊師利，此云妙德，亦云妙首，又云妙吉祥。入法正位，名法王子。智德獨尊，故為上首。（直指疏）
智度論曰：「佛為法王，菩薩入法正位，乃至十地，故悉名法王子。」菩薩為育於法王佛陀之家者，皆法王子也。而經中多稱文殊為法王子，則以其在釋尊二脅士之上座，助佛教化之第一法子也。法華文句記：「經稱文殊為法王子，有二義：一、於王子中，德推文殊；二、諸經中，文殊為菩薩眾首。」眾首即上首也。上首者，一座大眾中之主位也。（箋註）
以上列大小聽眾以證信也。諸經通有，亦名通序。（直指疏）
大本小本彌陀經，列眾甚廣，今經最略。翻傳適時，各其志也。計應更列人天雜眾，下流通云：無量諸天龍夜叉等。即知序中亦略之耳。（靈芝疏）
乙二、發起序
初、正明囚父  二、明欲害母
諸經緣起，隨事不同。今經乃以殺逆為發起者，略有二意：一、欲彰此界眾生，極可厭惡，親生膝下，尚敢危害，況於餘人。意令末世欣樂淨土故。二、為表此方機緣，非遭極苦，不念脫離求往生故。故下韋提希云：「為我廣說無憂惱處，我當往生，不樂閻浮提濁惡世」等。（靈芝疏）
丙初、正明囚父分四
初、闍世太子幽禁父王  二、國太夫人密奉麩漿
三、王請戒法以濟心神  四、法食兼資日久