《藥師七佛經》在西藏亦有翻譯，其七佛名稱如下：
（一）善名稱吉祥王如來（西藏名mtshan-legs-dpal）
（二）寶月智嚴光音自在王如來（藏名sgra-dhynans-rgyal-po）
（三）金色寶光妙行成就如來（藏名ser-ba-bral-dri-ma）
（四）無憂最勝吉祥如來（藏名mya-nan-med-mchog-dhan）
（五）法海雷音如來（藏名chos-sgrags-rgya-mtshohi-dbyans）
（六）法海勝慧遊戲神通如來（藏名mdon-mkhyen-rgyal-po）
（七）藥師琉璃光如來（藏名sman-bla-sgyal-po）
民國二十三年西康紅教之諾那上師，至金陵時，其弟子曾將此經咒音用藏、漢、英文對譯。在其序中以為在唐譯的五部《藥師經》中，只有義淨將藥師七佛全經譯出，其餘的只有單獨節譯出琉璃光如來的部份。
這個問題古來即有諍論，《阿娑縛抄》中帖決云：「七佛者，猶彼新譯經七佛歟。謂《本願藥師經》唯譯下卷文，新譯經《藥師七佛經》加上文也。」可見自古即有人疑玄奘等舊譯是節本，而義淨的新譯是全本。
但是西藏藏經中的「甘珠爾（經部）」中，關於《藥師經》也有兩部。一與玄奘譯本相當，另一本則與義淨所譯之《藥師琉璃光七佛本願功德經》相當。
由此看來不管是中國與西藏，都有兩種不同經本的流傳。如果只是將玄奘等舊譯本，單純的視為節本，可能不盡屬實。理由如下：（一）《藥師經》文字不多，沒有節譯的必要。（二）此經歷經慧簡、達磨笈多及玄奘的翻譯，其翻譯的成品始終如一。如果是節譯，應當很容易將全本譯出，不會造成三人同樣節譯的狀況。（三）玄奘連六百卷《大般若經》此等鉅著都全本譯出，何況只有不到萬字的《藥師經》，會在有前二譯的狀況下，不全本譯出的道理。（四）《藥師經》如果是《藥師七佛經》的節譯，此節譯同時在中國與西藏出現，實在太不可思議了。
依以上的推斷，我們可以認為《藥師經》與《藥師七佛經》的梵本是不同的。但是，是否有可能《藥師七佛經》在印度已經被節錄成《藥師經》呢？個人以為，這種機會極小，因為慧簡於宋孝武帝大明元年（西元四五七）、達磨笈多於隋煬帝大業十一年（西元六一五年）、玄奘於唐永徽元年（西元六五○年），三本於翻譯時間相差二百年，他們不可能每個人都攜帶節本，而藏譯也不會恰好帶到同本的節譯。因此，我們可以推論《藥師經》與《藥師七佛經》，在印度就有不同的版本與傳承，《藥師經》也並非《藥師七佛經》的節譯，或許兩者也有可能是同源異流，這在《道行般若經》與《大品般若經》的傳譯也曾發生過。當時魏晉的義學家都將《大品般若》當作《道行般若》的母本，事實上兩者的梵本並不相同，而只是同源異流而已。那《藥師七佛經》的來源如何呢？我們可以推斷認定此經較《藥師經》的流行較晚，是建立在藥師法的修持基礎上糅合其他經典而成立的，其流行時間約在玄奘回國之後，義淨回國之前。玄奘於唐太宗貞觀十九年（西元六四五年）回國，義淨於武后證聖元年（西元六九五年）回國，這五十年之間，是《藥師七佛經》最有可能流行的時間。