藥師佛與七佛名號各別,佛土亦議;但自古以來,七佛是一體、異體的問題,各有不同看法。
《阿娑縛抄》說:「《本願經》云:『造彼如來形像七軀』,二經不同也,本願經只見藥師像七體,《七佛經》明七佛各別名並淨土本願。智泉云:『二經心各別也,隨依一意可修之。』」依此,以為二經根本上有所不同,其依據之心要與七佛之體、淨土、本願亦有所不同。所以又說:「依二卷經(藥師七佛經)修之者,善名稱等七佛為本尊;依一卷本(藥師經)者,藥師七體。」
但是《阿娑縛抄》傳述傳教大師的作為,又有如下的看法,《阿娑縛抄》:「又傳教大師鎮西造立給七如來。中如來其名藥師見傳,若依此意,彼七佛猶是藥師如來一佛異名歟!」這是以為七佛皆為藥師一佛的異名。又說:「玄奘七佛開一佛故,專譯第七藥師功德。義淨一佛又七佛故,委譯七佛各別功德;而藥師琉璃光如來七佛本願經題,終藥師琉璃光如來本願功德結名。......本願經又請問詞云:『唯願演說如是相類諸佛名號。』世尊答云:『勸請我說諸佛名號。』依師說推,此詞指善名稱等云諸佛歟!......然者二經附合,七佛一揆......是則一佛改名號,七佛成正覺者。」這個說法有極濃調和味道,欲解決二經之相異點,以為七佛即一佛。又說:「江師云:七佛名號各別也,必皆非藥師歟!但七佛藥師者雖各別,藥師始故,為名謂藥師等七佛云也。」這是認為藥師七佛是相異的七佛,而非同體了。總結這些看法,則「《藥疏》云:『七佛經題《藥師如來七佛本願經》者有二義:(一)相傳釋云,前六佛藥師分身也,攝化歸本,名《藥師七佛經》。(二)從第七佛得名,言總意別,故言《藥師七佛經》。』」而東密則以為藥師七佛,皆為淨琉璃世界的藥師如來。
在《覺禪鈔》更直接指出,《本願經》中的七軀像,即《藥師七佛經》的七佛,《覺禪鈔》說:「《本願經》一佛,《七佛經》各別尊,一體分身也。......又兩經見始終更無差異也。《本願經》形像七軀者,二卷經《七佛經》所說七佛也。或《七佛抄》云:『七佛同是一體分身,隨機緣取七佛淨土,成佛利生。』」
由以上這些說法看來,認為《藥師經》與《七佛經》同本者,有認為一佛與七佛同體的看法。但從上卷的論證,我以為此經並非只有節略的差異而已。我認為《藥師經》與《藥師七佛經》的來源或由不同的傳承;或由《藥師經》在傳承中,經由藥師行者依據藥師法,而輾轉擴大附麗而成。在佛教的修持中本有許多不可思議的境界,而密宗之經軌,經由如此而增加其內容,亦非不可理解。
藥師佛與藥師七佛就修持者而言,可依不同之心要與因緣而取修;也可以認為藥師七佛即藥師佛之分身而修之。其實一佛與七佛的證得,同屬宗教的內證,只要在論理上清晰可明,修持上圓滿向上,自能圓同藥師佛,進入真實藥師法界。