「六根清淨」這個名詞，在一般不知佛法的人看來，是非常浮淺的，甚至非常好笑的，他們以為凡是出了家的僧尼，一定就是六根清淨的人，如果稍微沾染了一點男女錢財的習氣，一些專門喜歡揚惡隱善的新聞記者，便會在報紙上大做他們「六根不淨」的渲染文章！至於什麼叫做六根，甚麼又叫做六根清淨？他們是不想知道的。
其實，六根清淨四個字中，大有道理。
六根，是指生理學的全部範圍。佛教看宇宙人生，既不是唯物論者，也不是唯心論者，更不是唯神論者，乃是主張因緣和合的緣生論者。所以，佛教看一個人的構成，是從心理、生理、物理的三方面來分析的。上面所說的六根是屬於生理學，加上六塵的物理學及六識的心理學，便是一個人的總和，六根、六塵、六識的形成，稱為十八界，十八界的三大類，構成鼎足之勢，相互為用，缺了一類，其他的二類也就不能存在。因為六塵與六識要靠六根的媒介才有作用，六塵與六根要靠六識的判別才有價值，六根與六識要有六塵的反映才有功效。
如果要下一個比喻，那麼，六根是鏡子，六塵是被鏡子所照的影像，六識是判別鏡中所照影像的人。
甚麼是六根六塵和六識呢？說起來，很簡單，那就是：眼、耳、鼻、舌、身、意，從心理與物理的媒介功能上說，稱為六根，也就是生理學上的神經官能。眼有視神經，耳有聽神經，鼻有嗅神經，舌有味神經，身有感觸神經，意有腦神經，這些都是心與物的媒介的根本，所以稱為六根。
從六根所接觸的物件上說，稱為六塵，也就是物理學上的各類物質。眼根所見的顏色和形色，耳根所聽的聲音，鼻根所嗅的香臭，舌根所嘗的味道，身根所觸的粗細冷熱與濕滑等，意根思想的稱為「法」──漪指的極微極遠的無從捉摸的東西，這些就被稱為六塵。
從六根接觸六塵而產生的判別力與記憶力上說，稱為六識。如果沒有六識而僅有六根與六塵，那就不是活人而是死屍，所以，六識是六根的操縱者，六根是六識用來接觸六塵的工具。
那麼，為什麼要稱為六根清淨呢？
因為六根是六識的工具，作善作惡，固然是出於六識的主張，造成善惡行為的事實，卻是在於六根的作用。人之流轉於生死輪迴的苦海之中，就是由於六根不曾清淨，自從無始以來的一切罪業，均由六根所造，比如眼根貪色、耳根貪聲、鼻根貪香、舌根貪味、身根貪細滑、意根貪樂境；有貪，也必有鎮，貪與鎮，是由無明──煩惱而來，合起來，就是「貪、鎮、癡」的三毒交加，惡多善少，永無出離生死苦海的日子了。
修持解脫道的工夫，不外戒、定、慧的三學，但是，慧的主要根源是戒與定，所以修持的入門工夫，應從身心的兩方面著手，一是修身，一是修心。把不好的念頭修理掉，稱為修心，修心的主要工夫是禪定；把不好的行為修理掉，稱為修身，所以修身也可稱為修行，修身的主要工夫是持戒，持戒的目的是在守護根門──守衛保護住六根的大門，不讓壞事從六個根門之中溜進我們的心田，以致種下生死流轉的禍苗。
因為，一個凡夫，除了進入禪定的境界而外，就不能沒有妄想，妄想是促成六根造業的導火線，佛教的戒律，就是妄想與六根之間的保險絲或滅火器，在戒律的防衛之下，六根才能漸漸地清淨，一旦到了六根清淨的程度，超凡入聖的境界，也就快要接近了。
所以，一般的凡夫僧尼，只能在戒律的保護下，勉強守住了六根，至於清淨二字，那是談不上的。一般人的觀念，總以為僧尼們只要不犯淫行，不貪非分之財，不介入人我是非，便算是六根清淨了，事實上，凡是貪逐於物境的受用，總是六根不淨，不論是看的、聽的、嗅的、吃的、穿的、玩的、用的，只要有了貪取不舍的情形，就是六根不淨。因為除了男女及錢財等的問題，都不容易覺察出來，淨與不淨，也就很少有人細心地注意它了。
根據中國天臺宗的判斷，六根清淨位，便是五十二個菩薩階位最初十階的十信位，要斷見思二惑──相當唯識宗的分別煩惱與分別所知的二障，這應該是從普通（外）凡夫進入賢位（內）凡夫的階段。
又據法華經及涅槃經中說，能得六根清淨，便可六根互用，所謂六根互用，那是說，六根之中的任何一根。均可兼備其他五根的功能，眼能見色，也能聞聲、嗅香、嚐味等，耳能聞聲，也能見色、嗅香、嘗味等，鼻根、舌根、身根、意根，也是一樣。
六根清淨了，就能六根互用，這在一般的讀者看來，難免會說這是神乎其神的神話。事實上，我們之所以不能六根互用，正因為自己把六根的官能限制住了，也就是說，我們利用六根而執取六塵，六塵充塞了六根，障礙了六眼，六根便成了六塵的奴才，也習慣地成了六塵的應聲蟲，色塵來了，眼根應付，聲塵來了，耳根應付，香塵來了，鼻根應付，舌、身、意根，也是一樣。
如果不是這樣，如果六根不執六塵，六根不受六塵的支配與誘惑，那麼，六根就從六塵之中得到了解脫，解脫了的六根，便是自由的六根，自由的六根，自然可以彼此互用而不分界限了。這個自由的六根，也就是清淨的六根，因為自由的六根雖然仍與六塵打交道，但已不受六塵的引誘而造生死的染汙之業，所以稱為六根清淨。
說得明白一些，所謂六根清淨，不是沒有了六根，而是我們的生理官能，不再隨著外境的幻象而轉，這就叫做一塵不染──但這絕不是等閒的工夫所能辦到的事。
為了便於讀者的記憶，再將六識、六根、六塵的名目，抄錄如下：
一、眼、耳、鼻、舌、身、意──六識。
二、眼、耳、鼻、舌、身、意──六根。
三、色、聲、香、味、觸、法──六塵。
六識發動六根而接觸六塵，六塵映入六根而由六識判別及記憶保存，再從六識的記憶保存中顯現出來，發動六根貪取六塵，就這樣交互回還而造成生生死死之流，六根清淨的目的，便在斷絕並超越這一生生死死的生命之流。