萬曆四十五年，大師七十二歲，正月在徑山為大眾說戒，結束後辭別徑山的大眾，到雲棲山吊唁雲棲大師。這時雲棲大師的弟子千餘人，久侯在山中。大師在禪堂裏對大眾發揮了雲棲大師在生時的密行，弟子們聽著聽著，有的落下了眼淚，發出悲泣的聲音。他們又請大師作了《雲棲大師的塔銘》。
大師出生時，玄津法師、譚孟恂居士，以及許多儒生紳士，留請大師在淨慈堂說菩薩大戒。這時大師作了一篇《宗鏡堂記》。
大師在杭州的消息使全國許多名德慕名而來，他們彙集在西湖，各抒己見，提出詰難，大師一一予以答覆，氣氛十分熱烈，是一次東南法會中盛說況空前的殊勝法會。
玄津法師、譚孟恂居士在此將大師以前遊歷中所作的零星作品，整理成《東遊集》刊行於世。
此時，大師的功夫日趨成勤。雖然到處弘法，卻不須塵拂和錫杖隨身，他的面色玉一般的光晰，身體非常強壯，即使在酷暑中行走，也無半點汗水。晨夕盥沐時，盆中之水依舊清澈無濁。大師坐的時候，總是雙跏趺，而且不須用手幫助。無論開眼合眼，二六時中，常在定中。不論是日間或夜裏，在行住坐臥中，一聞他人啟請法語，眼光如電，眼眶裏沒有絲毫的殘留，也不須用手去拭。大師上堂說法時，辯才無礙，一啟口就是數千百字，從來不吃一字，而且聲如洪鐘，震動堂外。大師提筆寫開示法語時，不起於坐，敘述數千百字，筆無停留。平時，大師左手時刻轉著數珠，右手握一柄白竹骨的折疊扇，無論冬夏常在手中，但不是為了扇涼，而是當遇著人天三界大指麾時，當案一擊，靡不呼應。
大師的道力神通的顯現是無數的。在宗鏡堂時，一天大師正升堂說法，見兩僧挾持一僧走上臺階，而那被挾的僧人顛狂不止。這兩僧乞求大師說：「這位師兄持大悲咒五年，平時行為也端正，不知何故會著魔成這個樣子，請大師替他治吧！」大師說：「這病可醫！」就命侍者在堂裏尋到三位持穢跡金剛神咒的僧人。大師先在座位上自持神咒，又叫那三位僧人把神咒傳給顛狂僧。開始時，那人不省人事，大師以扇在案上震威一擊，再提授一句，顛狂僧即能隨持，這樣逐句傳完後，顛狂僧如夢初醒，從此就再也無病了。大師叫他到香積寮去。
又一日，有一僧來頂禮，還未禮畢時，大師即擊扇喝值：「殺人賊，見我作什麼？！」知客僧聽見急忙趕來，那禮拜僧不說一句話就去了。大眾都驚愕不解地看著。第二天這僧被官府所捕，大眾這才明白大師的神通妙用。
大師的神通事蹟是不勝枚舉的。又有一次，大師在嘉興金明寺禪堂，晚上和道友們在談論著佛法，忽然有一個提挺直馬鞭子的人，在堂門外呼叫，有認識的說這是糧衙錢皂隸，都當做他喝醉了，想把他趕走，但他非但不去，反而越叫越響，聲音中還夾雜著佛教術語：「今日活菩薩降臨，我應該受超度了！你們不要攔阻我。」大家聽了覺得奇怪，就去告訴大師。大師說：「可以讓他進來。」那人一進來，即合掌禮拜具佛子威儀。大眾都好奇地望著他，見他雙膝著地，作鬼話說：「弟子仲日仁生的持長齋，修淨土八年，今天是我亡故的五七期，借錢皂隸的身體求大師超度。我不願到陰府去，應該往生西方淨土，望菩薩慈悲指引。」說畢伏地流淚，悲泣不止。大師叫侍者中專修淨土的耆宿六人侍立，自己親自撚著數珠，並叫給他一數珠念千聲佛號，這托鬼的身體即能跟隨念佛，一堂大眾，肅然無聲。念佛結束後，大師又演蒙山施食文，當誦到：「應觀法界性，一切唯心造」時，舉扇擊案大喊道：「速得解脫！」那人即答道：「解脫竟！」這樣一連三呼三應，速度快極。過後，托鬼身站了起來，具佛子威儀，向大師稱謝往生淨土，又頂禮東西兩旁的大眾說：「各各努力，龍華會上相逢！」大約過了二小時，大眾還聚在禪堂裏未散，有的在哭泣，有的在歎息，也有的在偷偷暗笑，甚至有的還在訾議著，大師無動於衷，處之晏如。
第二天，大師送他到臨崖，他感激地頂禮大師，然後依舊返回禪堂門口，說了幾句謝錢老宮賴托得度的話，便猝然撲地而醒，又是原來的錢皂隸了。這時旁邊的一位知情人說：「仲日仁是隔河仲癢士、名聞韶的父親，在生時修淨土十分虔誠，這感應確是應該的。」大師的弟子福征也在旁說：「日仁是我的壁經社友。」就同善信等數十人去拜訪。到了他家，這才知道已死了五七三十五日了，而那個錢皂隸因催糧到了地的靈座前，仲日仁乘他醉時，就引魂得度。
過了幾天，有一位許泰惟居土，素來信佛，他見過大師的神通感應，就請大師到他家，為父親設靈，叩求大師說法。大師一席法語中，處處都指出他父親在世時的陰暗事，聽到的人都被大師驚人的道力懾服了。
僅只幾天，人們奔相走告，相傳著活菩薩應世。無論男女老幼，都懷著一顆虔誠心想見一見大師。此刻，大師正在東塔，片刻之間，人們蜂湧而至，成千上萬的人群站滿了山門到方丈室的所有空間，人們要見大師的呼聲一陣響依一陣。這時，大師和幾位侍者，走到東塔的二層窗口，向大眾慈悲致意，大眾一見大師，禮拜的人群此起彼伏，如煙加雲，人們從大師的道德神通，看到佛教的偉大，內心的虔誠和欣喜不可言喻，一直禮拜到天黑後，才漸漸散去。
第二天，前來供養大師的人仍很多，大師覺得這樣下去不好，第三天即渡江到淞陵了。