二一、三論宗．宗仰
棲霞山在中國佛教史上的重要性，是因為那兒醞釀出了三論宗。
在法度時代，就有來自遼東的僧朗，以法度為師，接著就成為該寺的住持。他精通《華嚴經》以及《中論》、《百論》、《十二門論》的空宗三論，故被尊為江南三論宗的初祖。
僧朗也被梁武帝尊為師，故於天監十一年（西元五一二年）派遣僧詮、僧懷、慧令等十人，親近僧朗，諮受三論要義。後來僧詮盛弘三論，他的門下有法朗、慧辯、慧勇、慧布、慧峯等。其中法朗的弟子吉藏嘉祥大師，就是中國三論宗的集大成者。所以棲霞山是三論宗的發祥地。
當時的僧詮，住於棲霞山的止觀寺，據說就是棲霞寺。
臺灣的佛學大師印順長老，學窮三藏而服膺於《阿含》的因緣論及龍樹的中觀學，但他的基礎是奠定於民國二十三年（西元一九三四年）在武昌佛學院，閱覽三論宗的章疏，同年也曾往棲霞山，瞻禮三論宗的古道場，並撰寫《三論宗傳承考》；民國二十五年（西元一九三六年），太虛大師也囑其為武昌佛學院的研究班，指導三論之研究，以此可見，棲霞山也是印老的法源所在。
在陳、隋以及唐太宗貞觀年間（西元六二七～六四九年），有一位智聰禪師住於該寺，受戒的僧俗弟子有三千多人，盛極一時，到了唐末武宗會昌年間（西元八四一～八四六年），殿宇全毀，唐宣宗大中五年（西元八五一年）重建，改稱妙因寺。宋太宗太平興國五年（西元九八○年）改號普雲寺，到宋真宗大中祥符元年（西元一○○八年）改名棲霞禪寺，到明太祖洪武二十五年（西元一三九二年），冊封為棲霞寺。
棲霞山雖為江南佛教古剎，隋唐以下該寺出的人才不多，有資料可見者，明初有素庵真節，明武宗正德十六年（西元一五二一年）有袁了凡的師父雲谷法會禪師，擔任住持，興建殿宇，廣接四眾。此後直到民國初年，有宗仰上人復興該寺，根據這次在棲霞山所得的小冊子《棲霞山簡介》，對於宗仰上人和該寺的因緣，有如下的介紹：
宗仰上人（西元一八六一～一九二一年）於西元一九一九年來棲霞寺任方丈，他不但精通佛法，詩畫金石也卓然成家。西元一九○一年在上海，時與章太炎、蔡元培、鄒容等革命名流交往甚深，創辦《蘇報》，鼓吹反清，號召革命。第二年，宗仰被清廷通緝，流亡日本，結識孫中山，曾慷慨傾囊資助革命，孫中山對他甚為感懷並器重，交誼日篤。當宗仰主持棲霞寺時，立下重建寺宇弘願，他瞭解孫中山對佛教有精闢的見地：「融通攝世間出世間一切善法，甄擇進行，以求世界永久之和平及眾生完全幸福為宗旨」，對孫先生更為崇敬。此時，孫中山獲悉宗仰有重建棲霞寺之意，遂率先捐獻銀萬元，作為歸還早年宗仰資助革命之款，由於孫先生的支持，各方恭賀贊助者雲集，為棲霞寺的歷史增添了無上光彩。
可見該寺到現在為止，對宗仰上人的事蹟還是非常重視，因為目前的棲霞寺，就是重建於宗仰上人之手。